? 22 luglio
? 12:00 – 13:00 UTC
Speaker: Matteo Baston
Designazione: Vice Cancellieri Senior Fellow
Affiliazione : The Hub for Biotechnology in the Built Environment, Department of Applied Sciences, Faculty of Health and Life Sciences, Northumbria University, Newcastle upon Tyne, Regno Unito
Il dottor Matthew Bashton è il bioinformatico principale del team COVID-19 Genomics UK Consortium (COG-UK) presso la Northumbria University. Il suo intervento descriverà la configurazione del software e l'ambiente utilizzati in Northumbria per fornire la loro soluzione genomica COVID-19, variante e classificazione del lignaggio, comprese le pipeline sviluppate e altri strumenti in uso all'interno di COG-UK. Il team di Northumbria ha sequenziato con successo oltre 16,000 genomi COVID-19 contribuendo sia alla sorveglianza genomica a livello nazionale sia partecipando alle indagini locali sulle epidemie in cui la genomica ha contribuito a tracciare la diffusione del virus tra le persone e ad informare gli sforzi di controllo delle infezioni. Matthew parlerà della sfida di costruire e mantenere un ambiente software di produzione, come lo usi, in un panorama in rapido sviluppo e in continua evoluzione.
Il dottor Matthew Bashton è un biologo computazionale, con una vasta esperienza bio, chemio e informatica clinica, con competenze specifiche nelle aree dei domini delle proteine, della struttura e della funzione delle proteine, delle interazioni delle proteine del ligando, dell'analisi della sequenza ad alto rendimento, dell'analisi del genoma e dei biomarcatori scoperta.
Matthew ha conseguito una laurea in Biochimica all'Università di Newcastle; il suo dottorato di ricerca è stato nell'area della genomica strutturale presso l'MRC Laboratory of Molecular Biology di Cambridge nel gruppo del Dr Cyrus Cothia FRS. Il suo dottorato di ricerca si è concentrato su come diverse famiglie di domini proteici si uniscono geometricamente e grammaticalmente per realizzare funzioni a livello proteico intero.
Matthew ha lavorato come ricercatore Fellow Nel gruppo della Professoressa Dame Janet Thornton FRS presso l'Istituto Europeo di Bioinformatica (EBI), ha fatto parte del consorzio del Midwest Centre for Structural Genomics (MCSG), finanziato dal Dipartimento dell'Energia degli Stati Uniti. Durante il suo periodo all'EBI, Matthew ha sviluppato il database PROCOGNATE, che mette in relazione le famiglie di domini proteici con la gamma di ligandi affini a cui si legano. Ha anche lavorato allo Small Molecular Subgraph Detector (SMSD), che consente un rapido e accurato confronto chimico basato su grafi 2D e di frammenti. Dopo il periodo all'EBI, Matthew ha lavorato presso la Bioinformatics Support Unit dell'Università di Newcastle, dove ha acquisito una vasta esperienza nell'utilizzo di dati di sequenziamento ad alto rendimento (HTS) in una serie di progetti omici con diversi PI nella facoltà di medicina. Successivamente si è dedicato alla ricerca sulla genomica del cancro lavorando presso il Northern Institute for Cancer Research (NICR) di Newcastle, dove ha sviluppato una serie di pipeline di analisi HPC per l'analisi del genoma somatico e dell'esoma, oltre a progetti di classificazione del rischio e dei sottogruppi basati su biomarcatori su tumori cerebrali pediatrici e leucemia.
Matthew sta ora lavorando all'interno dell'Hub multidisciplinare per la biotecnologia nell'ambiente costruito (HBBE), collaborando con una serie di designer, architetti, ingegneri e biologi sintetici e molecolari per migliorare la costruzione di edifici, la sostenibilità e la salute ambientale dell'ambiente costruito utilizzando la biologia.
Nel 2020-2021 Matthew è diventato un membro dello sforzo di genomica COVID-19 del Regno Unito lavorando insieme a un team della Northumbria University per sequenziare 16,000 genomi COVID-19 da 7 diversi ospedali Trust nel nord-est e in Cumbria.
